Die Mitarbeiter sollen Material zum Geschehen in Ostdeutschland auswerten und die Propaganda der sozialistischen DDR, ihren Charakter als Unterdrückungsregime, beim Namen nennen. Gleichzeitig versuchen sie, „den Deutschen im Osten ein Bild vom Werden und Wesen der deutschen Bundesrepublik, dem Kerngebiet des künftigen einheitlichen Deutschlands“ zu vermitteln. Mit dieser Ausrichtung ist das Ministerium nach Worten des Historikers Stefan Creuzberger „nicht nur ein Produkt, sondern ein Apparat des Kalten Krieges“. Es macht sogar „häufig verdeckt von aktiven Abwehrmaßnahmen“ Gebrauch und kooperiert dabei seit 1952/53 mit den Geheimdiensten der USA. Geleitet wird das Haus bis 1957 von Jakob Kaiser, der zur Widerstandsbewegung gegen Hitler und 1945 zu den Gründern der Ost-CDU zählt.
1957 zieht das Ministerium an die Ecke Hofgarten/Lennéstraße. Als es Ende der sechziger Jahre in die neuen Allianzbauten am Tulpenfeld einzieht, trägt sein neuer Name „Ministerium für innerdeutsche Beziehungen“ dem veränderten Ton in den deutsch-deutschen Beziehungen Rechnung.